Orientações necessárias
Orientações para o cliente
I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Manual do exame
Processamento e adequação da amostra
Não se aplica, pois não há coleta de amostra.
Dados brutos devem seguir diretrizes próprias de qualidade, sendo responsabilidade do cliente o envio de dados adequados para análise.
Método
O exame inclui a análise de bioinformática utilizando um pipeline padronizado de bioinformática focado na identificação das mutações e linhagens de SARS-CoV-2 a partir de dados de sequenciamento massivo paralelo (NGS) do RNA extraído de uma amostra. Os resultados principais são disponibilizados através de tabelas e gráficos na plataforma proprietária Varsmetagen, onde também é possível fazer o download dos arquivos processados:
BAM: Arquivo contento o alinhamentos dos reads contra o genoma de referência do vírus
FASTQ: Arquivo com as sequências curtas de sequenciamento pós controle de qualidade
FASTA: Genoma do completo ou parcial do vírus montado a partir do método de novo e consenso
CSV: Tabela com a identificação de linhagen e escores associados
VCF: Arquivo com a chamada de variantes anotadas para o vírus
Interpretação e comentários
O exame de identificação de mutações e genotipagem do vírus SARS-CoV-2 por sequenciamento de nova geração (NGS) é uma análise avançada desenvolvida para detectar mutações e caracterizar as linhagens do vírus SARS-CoV-2. Utilizando a tecnologia de sequenciamento massivo paralelo, este exame permite uma caracterização precisa e detalhada das variantes virais, essencial para o monitoramento epidemiológico, compreensão da evolução viral, e gestão clínica eficaz.
O exame baseia-se no sequenciamento de todo o genoma viral presente na amostra do paciente. A análise é realizada em amostras clínicas como swabs nasofaríngeos, saliva, ou outras fontes de infecção respiratória. A tecnologia de sequenciamento de nova geração garante uma cobertura abrangente e uma sequência consenso de alta acurácia, permitindo a identificação precisa das mutações e linhagens do SARS-CoV-2.
As leituras de sequenciamento são comparadas a bancos de dados de referência viral para identificar mutações específicas e caracterizar a linhagem viral PANGO. Os dados obtidos são interpretados por virologistas e bioinformatas certificados, que consideram o histórico médico e epidemiológico do paciente para fornecer uma análise clínica precisa e relevante. A interpretação dos resultados ajuda a identificar a presença de variantes de interesse (VOIs) e variantes de preocupação (VOCs), bem como a entender a disseminação e evolução do vírus.
Os seguintes arquivos podem ser disponibilizados para análise adicional:
FASTQ: Arquivo contendo as leituras de sequenciamento pós processamentos de qualidade;
BAM: Arquivo contendo os alinhamentos dos reads contra o genoma de referência do SARS-CoV-2;
FASTA: Genoma completo ou parcial do SARS-CoV-2 montado a partir da técnica denovo e consenso;
CSV: Tabela com a identificação de linhagen e escores associados;
VCF: Arquivo com a chamada de variantes, incluindo SNPs e indels, em relação ao genoma de referência do SARS-CoV-2.
Orientações necessárias
"I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema."