Painel de mutações, de neoplasias mieloides, Vários Materiais

Orientações do cliente

I Informações sobre o exame

A análise pode ser realizada em amostras de sangue periférico ou de medula óssea, a critério médico, colhidas ou não no Laboratório.

Se este exame for colhido após uma dieta leve, não é necessário jejum. Se, contudo, for feito depois do almoço ou do jantar, deve haver um intervalo de três horas entre a refeição e a coleta.

Caso a amostra de medula óssea vá ser colhida no Laboratório, o cliente deve agendar o procedimento previamente.

Se a coleta não for realizada no Fleury a amostra deve ser mantida sob refrigeração (2ºC a 8ºC)

Método

O protocolo consiste de DNA e de RNA a partir da amostra de sangue total ou de medula óssea. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e um outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para as moléculas de RNA. Na sequência, ocorre o enriquecimento das regiões de interesse das moléculas de DNA e RNA (cDNA) por meio da hibridação de sondas individualizadas. A captura compreende a região codificadante de 69 genes (41 genes completos e 28 genes com regiões hotspot) e região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos nas doenças mieloproliferativas, com sequenciamento na plataforma NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um programa de bioinformática desenvolvido e validado. As variantes identificadas e filtradas nesse programa passam por uma anotação gênica, análise e interpretação dos dados com base em algoritmos desenvolvidos internamente. Ressalte-se que a fusão de BCR-ABL1 apresenta um limite de detecção de 10%, pela escala internacional, neste teste. Assim, sugere-se que para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 seja solicitado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).

Valor de referência

Descritivo

Interpretação e comentários

O painel de mutações para neoplasias mieloides está baseado no sequenciamento de nova geração de 69 genes (41 genes completos e 28 genes com regiões hotspot) e de região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos nas neoplasias mieloides

São verificadas as seguintes alterações:

• alterações de nucleotídeo único (SNVs),
• pequenas inserções e deleções (INDELS)
• fusões gênicas

O ensaio fornece o perfil de mutações e o percentual de apresentação das variantes, ao diagnóstico e em amostras pós-tratamento, porém para estas últimas a sensibilidade pode, eventualmente, ser insuficiente.

Lista dos 69 genes avaliados com os respectivos éxons de interesse (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA):

ABL1 (4-9); ANKRD26 (1-4); ASXL1 (completo); ATM (completo); ATRX (8-10 e 15-31); BCOR (completo); BCORL1 (completo); BRAF (6, 11-16, 18); CALR (completo); CBL (8 e 9); CBLB (9 e 10); CBLC (9 e 10); CDKN2A (completo); CDKN2B (completo); CEBPA (completo); CREBBP (completo); CSF3R (14-17); CUX1 (completo); DDX41 (completo); DNMT3A (completo); ELANE (completo); ETNK1 (2-5); ETV6 (completo); EZH2 (completo); FBXW7 (9-12); FLT3* (11, 14-21); GATA1 (2-4); GATA2 (completo); GNAS (8 e 9); HRAS (completo); IDH1 (4); IDH2 (4); IKZF1 (completo); JAK2 (completo); JAK3 (completo); KDM6A (completo); KIT (2, 8-11, 13,14, 17, 18); KMT2A (completo); KRAS (completo); MPL (10-12); MYD88 (completo); NF1 (completo); NOTCH1 (3-6, 8, 10, 13, 15, 17, 18, 20, 25-28, 32-34); NPM1 (7, 9-11); NRAS (2 e 3); PDGFRA (12, 14 e 18); PHF6 (completo); PRPF8 (completo); PTEN (completo); PTPN11 (1-4, 6-13); RAD21 (completo); RB1 (completo); RUNX1 (completo); SETBP1 (4); SF3B1 (10-16, 19); SH2B3 (completo); SMC3 (4, 6, 7, 9, 11-13, 15, 16, 18-21, 23-25, 27, 28); SRP72 (6 e 10); SRSF2 (completo); STAG2 (completo); STAT3 (completo); STK11 (completo); TERC (completo); TERT (completo); TET2 (exon 1); TP53 (completo); U2AF1 (2, 6, 8); WT1 (completo); ZRSR2 (completo)

*Variantes do tipo ITD (duplicação interna em tandem) e TKD (domínio tirosinoquinase) no gene FLT3 são pesquisadas por meio da técnica de eletroforese capilar

Lista dos 27 genes principais para análise de fusões (sequenciamento de RNA)

ABL1; ABL2; CREBBP; CRLF2; CSF1R; EPOR; ERG; ETV6; FGFR1; FLT3; IKZF1; JAK2; KMT2A; MECOM; MEF2D; MKL1; MLLT10; MYH11; NF1; NOTCH1; NUP214; NUTM1; PDGFRA; PDGFRB; RARA; RUNX1; ZNF384

As fusões envolvendo os 27 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros, totalizando 93 fusões conhecidas (lista abaixo). Além disso o nosso teste é capaz de detectar fusões envolvendo os 27 genes com novos parceiros.

Lista das 93 fusões conhecidas analisadas:

KMT2A::SEPT9; KMT2A::MLLT10; KMT2A::MLLT3; KMT2A::MLLT6; KMT2A::ACTN4; KMT2A::EPS15; KMT2A::MLLT11; KMT2A::MLLT4; KMT2A::SEPT6; KMT2A::ABI1; KMT2A::ELL; KMT2A::AFF1; KMT2A::CEP170B; KMT2A::SEPT2; KMT2A::AFF4; KMT2A::AFF3; KMT2A::TET1; KMT2A::KNL1; KMT2A::ARHGAP26; KMT2A::CREBBP; KMT2A::FOXO3; KMT2A::SEPT5; KMT2A::GAS7; KMT2A::EP300; KMT2A::MLLT1; KMT2A::CASP8AP2; BCR::ABL1; ETV6::ABL1; NUP214::ABL1; RANBP2::ABL1; RCSD1::ABL1; ETV6::FLT3; ETV6::ITPR2; ETV6::JAK2; ETV6::NTRK3; ETV6::PDGFRB; ETV6::MN1; ETV6::RUNX1; ETV6::MECOM; ETV6::MNX1; BCR::JAK2; PAX5::JAK2; PCM1::JAK2; SSBP2::JAK2; STRN3::JAK2; FGFR1::PLAG1; FGFR1::TACC1; FGFR1::ZNF703; FGFR1::BAG4; FGFR1::ERLIN2; BCR::PDGFRA; FIP1L1::PDGFRA; AGGF1::PDGFRB; DOCK2::PDGFRB; EBF1::PDGFRB; SATB1::PDGFRB; MEF2D::CSF1R; SSBP2::CSF1R; MEF2D::SS18; MEF2D::BCL9; MEF2D::DAZAP1; MEF2D::HNRNPUL1; TBL1XR1::MECOM; H2AFY::MECOM; EIF4A2::MECOM; DEK::NUP214; SET::NUP214; IGHJ5::CRLF2; IGHJ6::CRLF2; IKZF1::TYW1; IKZF1::DNAH14; ACIN1::NUTM1; IKZF1::NUTM1; CUX1::NUTM1; SLC12A6::NUTM1; BRD4::NUTM1; ERG::DUX4; ERG::FUS; SEC16A::NOTCH1; GABBR2::NOTCH1; EP300::ZNF384; TCF3::ZNF384; CREBBP::ZNF384; FLT3::MYO18A; RBM15::MKL1; CBFB::MYH11; PML::RARA; RUNX1::RUNX1T1; PAG1::ABL2; NF1::ASIC2; PICALM::MLLT10; CREBBP::KAT6A; IGHJ5::EPOR.

OBSERVAÇÃO 1: A fusão de BCR-ABL1 possui limite de detecção de 10% na escala internacional. Para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 é indicado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).

GenBank (GRCh37 / hg19) dos 69 genes analisados (SNVs e InDels) (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA):

ABL1 (NM_007313); ANKRD26 (NM_001256053); ASXL1 (NM_015338); ATM (NM_000051); ATRX (NM_000489); BCOR (NM_001123383); BCORL1 (NM_021946); BRAF (NM_004333); CALR (NM_004343); CBL (NM_005188); CBLB (NM_170662); CBLC (NM_012116); CDKN2A ( NM_001195132); CDKN2B (NM_004936); CEBPA (NM_004364); CREBBP ( NM_004380); CSF3R (NM_156039); CUX1 (NM_001913); DDX41 (NM_016222); DNMT3A ( NM_153759); ELANE (NM_001972); ETNK1 (NM_018638); ETV6 (NM_001987); EZH2 (NM_004456); FBXW7 (NM_033632); FLT3 (NM_004119); GATA1 (NM_002049); GATA2 (NM_001145661); GNAS (NM_000516); HRAS (NM_001130442); IDH1 (NM_005896); IDH2 (NM_002168); IKZF1 (NM_001220765); JAK2 (NM_004972); JAK3 (NM_000215); KDM6A (NM_021140); KIT (NM_000222); KMT2A (NM_001197104); KRAS (NM_004985); MPL (NM_005373); MYD88 ( NM_002468); NF1 (NM_000267); NOTCH1 (NM_017617); NPM1 (NM_002520); NRAS (NM_002524); PDGFRA (NM_006206); PHF6 (NM_032458); PRPF8 (NM_006445); PTEN (NM_000314); PTPN11 (NM_002834); RAD21 (NM_006265); RB1 (NM_000321); RUNX1 (NM_001754); SETBP1 (NM_015559); SF3B1 (NM_012433); SH2B3 (NM_005475); SMC3 (NM_005445); SRP72 (NM_006947); SRSF2 (NM_003016); STAG2 (NM_006603); STAT3 (NM_139276); STK11 (NM_000455); TERC (NR_001566); TERT (NM_198253); TET2 (NM_001127208); TP53 (NM_000546); U2AF1 (NM_001025203); WT1 (NM_024426); ZRSR2 ( NM_005089).

Processamento e adequação da amostra

Receber a amostra sob refrigeração (2ºC a 8ºC)

Não manusear.

Enviar o material o mais rápido possível para a seção, refrigerado acompanhado do questionário.

Não será aceito material enviado em seringa com agulha.

Estabilidades das amostras:

Temperatura ambiente: não aceitável

Refrigerada (2ºC a 8ºC): 5 dias

Congelada: não aceitável

INCLUIR

Atenção: encaminhar o material primeiramente para a ACGenômica e protocolar a etiqueta da seção BMO

Orientações necessárias

I Informações sobre o exame

A análise pode ser realizada em amostras de sangue periférico ou de medula óssea, a critério médico, colhidas ou não no Fleury.

Se este exame for colhido após uma dieta leve, não é necessário jejum. Se, contudo, for feito depois do almoço ou do jantar, deve haver um intervalo de três horas entre a refeição e a coleta.

Caso a amostra de medula óssea vá ser colhida no Fleury, o cliente deve agendar o procedimento previamente.

Se a coleta não for realizada no Fleury a amostra deve ser mantida sob refrigeração (2ºC a 8ºC)