Orientações necessárias

I - Informações sobre o exame:

- Este exame consiste no sequenciamento completo de 421 genes e regiões de fusões de 108 genes a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada. O exame tem como finalidade apoiar a orientação diagnóstica, trazendo informações sobre a presença de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias alvo, bem como referências sobre ensaios clínicos relacionados ao perfil genético do tumor. O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado na investigação de doença metastática ou localmente avançada ao diagnóstico, doença refratária às opções padronizadas de tratamento, tumores raros, tumores de origem primária desconhecida, tumores sólidos nos quais uma avaliação gradual não é possível devido à limitação de amostras.

II - Critérios de realização:

- Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
- É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
- Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
- Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
- Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
- Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

- O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
- Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
- É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.
- É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Para saber sobre estes exames e como realizar, acesse: https://www.fleurygenomica.com.br/exames

Enviar o material (lâminas, material fresco ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia Patológica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa.
Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração do DNA e de RNA. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas
de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e um outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para
as moléculas de RNA. Em seguida, ocorre o enriquecimento das regiões de interesse das moléculas de DNA e RNA por captura híbrida. A captura de toda a região codificante de 421 genes e regiões de fusões de 108 genes é realizada por meio de um painel customizado, sequenciado simultaneamente em sequenciador de nova geração. Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes identificadas e filtradas nesse pipeline passam por uma anotação gênica que utiliza a inteligência artificial
Franklin by GENOOX. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares,
geneticistas e equipe técnico-científica para a confecção do laudo.

O resultado será acompanhado de um relatório interpretativo

A avaliação de mutações no tecido tumoral permite a identificação de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias-alvo, bem como a identificação de variantes direcionadoras do diagnóstico, de acordo com o tumor avaliado.
O teste avalia simultaneamente 421 genes do genoma (DNA) e regiões de fusões (RNA) de 108 genes, por meio do sequenciamento de nova geração, bem como a análise de instabilidade de microssatélites e carga mutacional do tumor.
São avaliadas as seguintes alterações:

- alterações de nucleotídeo único (SNVs)
- pequenas inserções e deleções (INDELS)
- grandes amplificações e perdas gênicas (CNVs)
- fusões gênicas
- carga mutacional (Tumor Mutation Burden - TMB)
- instabilidade de microssatélites (MSI)

Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as mutações identificadas, as associações terapêuticas descritas e potenciais ensaios clínicos.

Lista dos 421 genes (DNA) avaliados:
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, AMER1, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BLM, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD3, BRD4, BRIP1, BTG1, BTG2, BTK, C11ORF30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD22, CD274, CD70, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, DAXX, DDR1, DDR2, DDX41, DICER1, DIS3, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, EED, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, ELANE, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ERCC4, ERG, ERRFI1, ESR1, ETNK1, ETV1, ETV6, EZH2, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GSTP1, H3F3A, HDAC1, HGF, HIST1H1C, HIST1H3B, HNF1A, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ID3, IDH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL7R, INHBA, INPP4B, IRF2, IRF4, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2C, KMT2D, KRAS, LMO1, LRP1B, LTK, LYN, MAF, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAPK1, MAX, MCL1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MERTK, MET, MITF, MKNK1, MLH1, MLL3, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NSD1, NT5C2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, P2RY8, PAK1, PAK3, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PAX5, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PLCG2, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRO, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SGK1, SH2B3, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, SRP72, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5B, STK11, SUFU, SYK, TAF1, TBX3, TCF3, TEK, TERT, TET1, TET2, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TSC1, TSC2, TSHR, TXNRD2, TYMS, TYRO3, U2AF1, VEGFA, VHL, WHSC1, WHSC1L1, WISP3, WT1, XPO1, XRCC2, YAP1, ZNF217, ZNF703, ZRSR2.


Lista dos 108 genes (RNA) principais para análise de fusões:
ABL1, ACTB, AKT3, ALK, ARID1A, ATXN7L1, BCOR, BRAF, CAMTA1, CDX1, CIC, COL1A2, COL3A1, COL6A3, CREB1, CREB3L1, CREB3L2, CRTC1, CSF1, CXorf67, EGFR, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FN1, FOS, FOSB, FOXO1, FOXO4, FOXR2, FUS, GLI1, HMGA1, HMGA2, IRF2BP2, JAZF1, KIF5B, KMT2A, MAML2, MET, MKL2, MN1, MSN, MYB, NCOA2, NCOA3, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NR4A3, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, NUTM2A, NUTM2B, PAX3, PAX5, PBX1, PDGFB, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PHF1, PLAG1, PRDM10, PRKCA, PRKCB, PRKCD, PRKD1, PRKD2, PRKD3, PVT1, RAD51B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RPLP1, SFMBT1, SLC44A1, SS18, SS18L1, SSX1, SSX2, SSX4, STAT6, SYK, TAF15, TERT, TFE3, TFEB, TGFBR3, TMPRSS2, TTYH1, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE.

As fusões envolvendo os 108 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros. Abaixo encontra-se a lista dos 297 genes parceiros:
AC008753, AFAP1, AGBL4, AGGF1, AGTRAP, AHCYL1, AHRR, AKAP9, ALG9, AMBRA1, ANKH, ANKMY2, ANO3, ARHGAP42, ASPSCR1, ATF1, ATG13, ATG7, ATIC, AUH, AUTS2, BAIAP2L1, BBS9, BCL6, BCR, BEND2, BEND5, BICC1, BIRC2, BRD3, BRD4, BTBD1, C10orf118, C11orf95, C2orf44, C8orf34, C9orf153, CACNA1A, CADM2, CAPZA2, CARS, CCDC6, CCNB3, CD63, CD74, CDC42SE2, CDH11, CEBPZ, CEP128, CEP85L, CEP89, CHIC2, CITED2, CIZ1, CLCN6, CLIP1, CLTC, CNBP, CNTN5, COL1A1, COL21A1, CRTC2, CRTC3, CTC-339O9, CUL1, CXXC5, DCPS, DCTN1, DCUN1D5, DDIT3, DDX3X, DFFA, DIP2B, DUSP15, DUX4, DVL2, EGF, ELAVL3, EMILIN2, EML4, EP400, EPC1, ERC1, EZR, FAM131B, FBXO28, FBXW4, FCHSD1, FEV, FGD3, FGF1, FIP1L1, FLI1, FRK, FRMD4A, FXR1, FYCO1, GAB1, GATM, GIT2, GKAP1, GNAI1, GOLGA5, GOPC, GPHN, GRID2, GTF2I, GTSE1, HACL1, HAS2, HECTD4, HERPUD1, HEY1, HIP1, HLA-A, HNRNPM, HOOK3, IGFBP5, IQSEC1, JMJD1C, JPX, KIAA1377, KIAA1549, KIAA1598, KIRREL, KLC1, KLF17, KLHL26, KLHL7, KRT8, KTN1, LAMTOR1, LAP3, LAS1L, LEUTX, LMNA, LMO1, LNX1, LPP, LRIG3, LSM14A, MACF1, MACROD2, MAML3, MAMLD1, MAN1A1, MAP3K7, MBTD1, MEAF6, MED12, MIR143HG, MKRN1, MLLT10, MLLT4, MRE11A, MRPS33, MTAP, MTMR2, MYC, MYEOV, MYH10, MYH9, MYLK, MYO5A, NAB2, NACC2, NAV1, NCOA1, NCOA4, NDRG1, NFATC2, NFIA, NFIB, NPM1, NRF1, NSD1, NUMA1, NUP214, NXPH1, OFD1, OGDH, OMD, OPHN1, P2RY8, PAICS, PAN3, PATZ1, PAX7, PBX3, PCDHGA1, PCM1, PCSK5, PDCD1LG2, PDPN, PDZRN3, PKHD1, POC5, POU5F1, PPAP2B, PPFIBP1, PPHLN1, PPP2R5C, PPP6R3, PRKAR1A, PRR12, PSMA6, PTPRT, PTPRZ1, PWWP2A, PYGO1, QKI, RAB2A, RANBP2, RBPMS, RLN2, RNF130, RNF213, RNF31, RNF38, RP11-622K12, RPL36, RRAGB, RUNX2, S100A10, SCFD2, SDC4, SDCCAG8, SEC31A, SEPT7, SERPINE1,SETBP1, SFPQ, SHANK2, SLC34A2, SLC45A3, SLMAP, SMAD3, SMARCA5, SND1, SP3, SPARC, SPDYE4, SPECC1L, SQSTM1, SRF, SRGAP3, SRSF3, SSBP4, ST7, STRN, STRN4, SUZ12, TACC1, TACC3, TBL1XR1, TCF12, TEAD1, TFG, TG, THOP1, THRAP3, TIMP3, TJP1, TM7SF3, TMEM106B, TMEM165, TMEM245, TMEM40, TMEM51, TMF1, TOM1L2, TP53, TP63, TPM3, TPM4, TPR, TRAF2, TRAF3, TRIM24, TRIM27, TRIM33, TRIM63, TRIO, UPF1, USP2, USP46, USP8, VCL, WT1, WWTR1, ZC3H7B, ZCCHC8, ZFP36, ZNF444, ZNF710, ZNF84, ZSCAN30.